1、执行委员会
1）执行委员会负责本组织日常事务的管理。
2）首批执行委员会委员是本组织注册时的发起方代表。

2、理事会
1）理事可由团体会员推荐1~2位代表担任，也可由执行委员会提名有成就的个人担任。
2）首批理事由执行委员会提名产生。
3）理事任期6年，可再次连任。
4）理事名单需经会员大会投票通过。
5）理事会由三名以上理事组成，理事会投票产生常务理事会。

3、常务理事会
1）常务理事会由理事会选举产生。
2）常务理事会可选举世界绿色设计组织的主席、副主席等。

4、顾问委员会
1）顾问委员会由各国政要及权威专家组成。
2）顾问委员会的职能是为世界绿色设计组织运行和发展提供咨询和建议。

5、专业委员会
1）理事可以根据需要加入各专业委员会。
2）专业委员会设立由执行委员会决定。
3）目前专业委员会包括：绿色建筑设计专业委员会、绿色纺织服装设计专业委员会、绿色家电设计专业委员会、绿色通讯设计专业委员会、绿色办公设计专业委员会、绿色交通设计专业委员会、智能制造专业委员会、绿色循环专业委员会、乡村发展专业委员会、绿色照明专业委员会、绿色建材专业委员会、绿色儿童用品专业委员会、绿色环保技术与装备专业委员会、橡胶专业委员会、新生物质材料专业委员会。
4）专业委员会可以设置秘书处，总干事、副总干事由委员选举产生，由WGDO秘书处予以任命。

6、秘书处
1）秘书处由秘书长及工作人员组成，由执委会指导开展工作。
2）秘书处下设各国办公室。目前已设立布鲁塞尔办公室、北京办公室、扬州办公室、香港办公室。